基金由合肥市科学技术局（以下简称“市科技局”）进行管理和组织实施，重点支持纳入合肥市可转化科技成果库且有单位资助研究的项目指南建议，第七条基金项目依托单位一般为项目申请人所在单位，第八条基金项目依托单位应当按照国家有关规定和本单位科研规定对申报项目进行审核把关，项目依托单位将申报项目报送至所在县（市、区）科技部门进行形式审查，第九条市科技局对县（市、区）科技部门推荐的申报项目进行复核并组织评审，项目负责人共同签订《合肥市自然科学基金项目任务书》，资助经费于项目任务书签订后一次性核拨至项目负责人所在的依托单位，第十三条基金项目依托单位应做好本单位基金项目的监督、管理和保障工作，基金项目执行期结束后30日内项目负责人应当通过依托单位提交验收申请、工作总结和研究成果报告，依托单位应提出变更项目负责人或项目终止的建议，第十七条基金项目验收以任务书约定的研究目标和考核指标为依据，有单位资助研究的项目验收时，第四章监督与保障第十九条基金项目的研究成果，项目研究成果管理按照国家有关规定执行。